Miasteczko od samego początku jest bardzo cichym i spokojnym miejscem, jest dosyć odizolowane od reszty świata, a jego mieszkańcy żyją według dawnych tradycji i wieżeń. Tutaj rozmowy na temat magii, mistycyzmu i religi nie stanowią niczego nadzwyczajnego. Tak właściwie to ludzie nie wierzący są tutaj odstępstwami od normy. Sam kult Incubusa, zupełnie tak jak w Chrześcijanizmie podtrzymywany jest wiarą, że nastąpi jego ponowne objawienie, ponowne odrodzenie na ziemii. Aby umożliwić przejście osłabionego Boga do świata materialnego muszą pomóc mu przenieść się w ciało innej, materialnej osoby, które jest młode, giętkie i posiada umysł dziecka. W religi Chrześcijańskiej, matką Jezusa była Maryja Dziewica, uważana za najpiękniejszą kobietę.

Tutaj, dla kontrastu, jako matka Incubusa wybrana została kobieta, która jest przynajmniej mało atrakcyjna. Jest nią Dahlia Gillespie - totalnie zdziwaczała, szalona i zupełnie skrajna fanatyczka tego kultu, która byłaby w stanie zrobić coś tak okrutnego swojej córce.

Dahlia wydaje na świat swoją córkę, która w pierwszych latach swojego życia okazuje się być bardzo ułożonym, kochającym dzieckiem. Z biegiem czasu okazuje się, że jej córka Alessa posiada wiele nadprzyrodzonych zdolności (psychokineza, telekineza i wiele innych), które rozwijają się coraz bardziej. Dla matki nie wydaje się to być przeszkodą czy też przekleństwem, a wręcz przeciwnie. Odkrywając coraz to nowsze zdolności swojej córki widzi ją jako idealne narzędzie zła. Alessa od samego początku swojego życia cierpi psychicznie. Z jednej strony czuje swoją odmienność ze względu na zdolności jakie posiadła i czuje się przez to zupełnie wyobcowana, a z drugiej zaś strony wyczuwa zło, które ją otacza (w końcu jej matka nie ma w stosunku do niej dobrych intencji i wywiera na niej ciągłą presję). Alessa nie zachowuje się tak jak inne dzieci, przez co jest odrzucana przez resztę równieśników. To znów staje się powodem do gniewu, narastania w jej wnętrzu negatywnych energii, które rozładowuje używając swoich nadprzyrodzonych zdolności. Alessa w pewnym sensie staje się zła, chce krzywdzić innych i manifestować swój ból, bo nie może pogodzić się z tym, że to tylko ona cierpi. Właśnie z tego powodu staje się zupełnym odludkiem, a ludzie zaczynają się jej bać. Nawet w szkole przygotowano dla niej specjalne miejsce - jej ławkę nauczyciele postanowili odsunąć na sam koniec sali i odseparować od innych dzieci aby nie stanowiła dla nikogo zagrożenia i była pod ciągłą kontrolą.

W międzyczasie ludność miasteczka Silent Hill żyje sobie spokojnie, pielęgnując swoją wiarę i zarabiając pieniądze na turystyce. Silent Hill to idealne miejsce do wypoczynku - jest ciche, spokojne i posiada kilka ciekawych atrakcji takich jak park rozrywki, piękne jezioro i mnóstwo małych sklepików. Mieszkańcy odpowiednio wykorzystali tą sytuację i stworzyli idealne warunki dla turystów, budując kilka hoteli i domków wypoczynkowych. Wraz z turystami przybywali także ludzie, którzy osiedlali się tam na stałe. Kult Incubusa po latach odszedł gdzieś w cień, stał się prawie zapomniany, a nieliczni wyznawcy organizowali tajne spotkania na tyłach sklepu Green Lion Antique Shop. Jak wspomina Lisa w jednym z dialogów: "Każdy milczał na ten temat", ale myśl o zmartchwystaniu Incubusa nie została zapomniana.

"The town devoured by the darkness... Yes, I think I do. Before this place was turned into a resort, the townspeople here were on the quiet side. Everybody followed some kind of queer religion. Weird occult stuff. Black Magic, That kind of thing. As the young people moved away, the people figured they'd been summoned by the Gods. Evidently, things like that used to happen around here all the time. Before the resort, there wasn't really anything else out here.Everyone was so flipped out. Gotta blame it on something. Then a lot of new people came in and everybody clammed up about it."

Harry Mason jest młodym pisarzem. Jego żona po zdiagnozowaniu w szpitalu dowiedziała się, że jest chora na raka i mimo usilnych prób walki z chorobą, jej kondycja zaczęła pogarszać się coraz bardziej. Pani Mason nie mogła znieść widoku rozpaczającego męża i tego jak wpływa to na jego twórczość, więc postanowiła przeżyć ostatnie lata swojego życia w szczęściu, razem ze swoim ukochanym mężem. Po ujrzeniu reklamy w pewnym magazynie postanowiła wybrać się z Harrym na wakacje do Silent Hill. Oboje tak bardzo pokochali to miejsce, że wracali tam z roku na rok zmieniając tylko zakwaterowanie. Razem starali się cieszyć życiem i zapomnieć o krótkim czasie jaki pozostało im być razem na tym świecie.

Kult Incubusa po pewnym czasie związał się z praktykowaniem środków halucynogennych w celach medytacyjnych. Dawni tubylcy wykorzystywali różnego rodzaju zioła do pogłębiania swoich wizji, a wyznawcy Incubusa postanowili używać w tym celu narkotyku o nazwie White Cloudia. Roślina ta nie rośnie w regionie Silent Hill, więc musiała być przemycana w tajemnicy. Zajął się tym niejaki Dr. Kaufmann, dyrektor szpitala Alchemilla Hospital oraz jego przyjaciel Norman Young (właściciel sklepu zielarskiego Hearby Inn).

"Perennial herb found near water. Reaches height of 10 to 15 in. Oblong leaves, white blossoms. Seeds contain hullucinogenic properties. Ancient records show it was was used for religious ceremonies. The hullucinogenic effect was key."

Samą dystrybucją owych kwiatów zajmowali się pracownicy sklepu Indian Runner. Najpierw kwiaty były przemycane do miasteczka jako zwykłe rośliny, a potem w szpitalu Alchemilla Hospital z kwiatków wyodrębniany był narkotyczny składnik, który następnie trafiał do wyznawców kultu Incubusa. Osoby, które zajmowały się przygotowywaniem narkotyku postanowiły ubić na tym również interes. Zmówili się więc, że część narkotyku sprzedawana będzie turystom na ulicach Silent Hill. To spowodowało, że miasteczkiem zainteresowała się miejscowa jednostka policji. Departament Policji w Silent Hill poprosił o pomoc w śledztwie policjantów z pobliskiego miasteczka Brams. Ze sprawą powiązana została, więc Cybil Bennett oraz Oficer Gucci działający pod przykrywką jako dealer narkotykowy.

"Product only available in select areas of Silent Hill. Raw material is White Claudia, a plant peculiar to the region. Manufactured here? Dealer = manufactuer?"

W ciągu następnych 2-3 lat Silent Hill zmienia się nie do poznania. Zmianom ulega struktura miasteczka. Wiele budynków wyborzono i zastąpiono nowymi, bardziej nowoczesnymi budowlami. Poza tym wzrósł w znacznym stopniu współczynnik umieralności i przestępczości. Coraz częściej ludzie giną na ulicach miasteczka, pojawiają się też miejscowi psychopatyczni mordercy i inni przestępcy, którzy trafiają do miejscowego więzienia.

"Last time I heard anything about it was...gosh, years ago. When several people connected with developing the town, died in accidents. People said it was a curse."

To wszystko niezbyt pozytywnie wpływa na opinię o miasteczku i z biegiem czasu Silent Hill staje się zapomniane, traci dawnych turystów i zainteresowanie mediami. W ten sposób SH staje się takie jak kilkadziesiąt lat temu - odseparowane od reszty świata. Ten niezbyt ciekawy obraz dopełnia jeszcze pożar, który wybuchł w miasteczku. Jedną z ofiar pożaru jest mająca teraz 7-8 lat Alessa Gilesspie. Z opażeniami 3-stopnia na całym ciele trafia do szpitala Alchemilla Hospital, gdzie zajmują się nią lekaże. Alessa cierpi teraz również fizycznie, jej rany cały czas krwawią, a lekaże nie dają jej zbytnich szans na przeżycie. W tym świetle Dahlia (matka dziewczyny) traci nadzieję, że jej córka może przydać się jeszcze jako ciało dla Incubusa.

"Fire broke out in town. 6 homes destroyed. Charred body of Alessa Gillespie (7) found in aftermath. Cause of fire currently under investigation. Investigations show source as basement of Gillespie home. Blaze now believed to be caused by malfunction of antiquated boiler."

Pozostały w niej jednak resztki moralności, a w jej głowie pojawił się kolejny zły plan. Postanawia więc za pomocą swoich złych mocy i zaklęć utrzymywać ją przy życiu, tylko po to aby szprycować ją codziennie narkotykami (White Claudia) i patrzeć jak wzrasta siła Incubusa poprzez jej cierpienie.

W bardzo szybkim czasie miasteczko obiega plotka o śmierci córki pani Gillespie. Dahlia nie planuje tego zmieniać i dogaduje się szybko z Dr. Kaufmannem, który przydziela jej córce odpowiednią salę umieszczoną w podziemiach szpitala. Tam, w zupełnych ciemnościach, przy specjalnej aparaturze Alessa cierpi okrutne katusze, bo jej krwawienia nigdy nie ustają. Do opieki nad nią przydzielona zostaje Lisa Garland, która nie wie zbyt wiele na temat tej sprawy. Po jakimś czasie zaczyna mimo to podejrzewać, że coś jest nie tak. Zauważa, że krwotoki nigdy nie ustają, a dziewczyna ciągle żyje. Zauważa również, że w jej pomieszczeniu dzieją się bardzo dziwne rzeczy. Niestety obiecała milczeć w tej sprawie, więc swoje obserwacje zapisuje do pamiętnika lub na nagraniach wideo.

Alessa cierpi samotnie w ciemnym, szpitalnym pomieszczeniu mając jedynie opiekę ze strony Lisy. W pewnym momencie jej cierpienie fizyczne jak i psychiczne oraz drzemiące w niej fragmenty duszy Incubusa zaczynają kolidować z narkotycznym, halucynogennym działaniem White Claudi. W ten sposób Alessa zaczyna miewać przerażające wizje, pełne zmasakrowanych ciał, zła, cierpienia i nienawiści. W jej umyśle powstają groteskowe obrazy traumatycznej szkoły, zalanego krwią szpitala, obdartych ze skóry psów i pociętych, ludzkich ciał. Wszystko zaczyna miksować się ze sobą budując psychodeliczne obrazy, które nabierają coraz okropniejszych kształtów wraz z mocą jaka w niej wzrasta. W jej psychice wytworzyło się coś w rodzaju dwóch osobowości. Alessa postanawia walczyć. Ostatki swojej niewinności wtłacza w ciało małego dziecka, a to co płonie w jej psychice pozostaje w szpitalnej celi jako dusza Incubusa. Dziecko, w którym zrodziła się cząstka Alessy znajduje się poza miasteczkiem, więc Dahlia nie może jej skrzywdzić. Doktor Kaufmann po zaobserwowaniu strasznych efektów jakie przynosi działanie narkotyku, stwarza odpowiednie antidotum - Aglophotis.

Harry wraz z żoną spędził kolejne wakacje w Silent Hill. Kiedy wyjechali z miasteczka, na swojej drodze napotkali zawiniątko z małym dzieckiem (w okolicach cmentarza). Nikt nie był w stanie powiedzieć skąd się tam wzięło i nikt też nie zechciał się nim zaopiekować. Państwo Masonowie postanowili adoptować dziecko. Dali dziewczynce na imię Cheryl, a opieka nad nią sprawiła ogromną radość umierającej matce. Po kilku latach walki z chorobą Pani Mason musiała w końcu odejść z tego świata. W tym momencie dla Harry'ego wszystko przestało mieć znaczenie, a rozpacz zaczęła wpędzać go w obłęd. Jedynie córka Cheryl była dla niego podporą i sensem egzystencji. Minęło kilka lat, a Harry nie zawitał więcej do SH, bo wspomnienia były dla niego jeszcze zbyt bolesne.

"Cheryl isn't my biological daughter. I actually haven't told her yet. She probably already knows anyway, though. We found her abandoned on the side of the highway. Nobody knew where she came from. We didn't have any kids of our own, my wife was sick, and it didn't look like she was getting any better. So we took Cheryl in."

W międzyczasie wyznawcy kultu Incubusa czują, że moment odrodzenia się demona powinien nastąpić już niedługo. Dahlia wraz z resztą wiernych odkrywa, że w Silent Hill znajduje się tylko połowa duszy Alessy. Ich zbawiciel potrzebuje całej duszy aby odrodzić się, więc moment rezurekcji zostaje odroczony. Dahlia znakomicie zdaje sobie sprawę, że jej córka nigdy nie chciała współpracować. Nie toleruje takiej postawy wobec spraw tak ważnych jak religia, więc zaczyna znęcać się nad nią psychicznie. Dahlia czerpie z jej cierpienia niesamowitą przyjemność. Alessa czeka zaś cierpliwie na dzień, w którym druga połowa jej strudzonej cierpieniem duszy odnajdzie swoje prawdziwe miejsce (powróci do Silent Hill i złączy się w jedność, tworząc jej prawdziwe oblicze - jej, a nie Incubusa).

"Dahlia: Everything is going according to plan. Sheltered in the womb.
Nieznana postać: But it's not done yet. Half the soul is lost. That is why the seed lies dormant.
Kaufmann: But what so remains captured in that husk, ... is buried deep down in the subconcious.
Are you trying to say it won't work? That wasn't our agreement.

Dahlia: No, no. These are just stalling tactics. If we lend a hand, we will be able to get power. Never fear. The promise shall not be broken.

Nieznana postać: But, the power we could draw now would be very weak; almost nothing. Unless we get the other half of the soul...

Dahlia: We'll use a magical spell. Feeling this child's pain, it's sure to come.
Kaufmann: But, that will take time."

Cheryl ma teraz 7 lat i do tej pory nie sprawiała Harry'emu problemów wychowawczych. Nagle, zupełnie bez przyczyny zaczyna zachowywać się bardzo podejrzanie. Zaczyna izolować się od świata, nękają ją okropne koszmary, które  stara się przelać na kartkę papieru (jak większość małych dzieci) rysując szokujące obrazki potworów i skrzywdzonych dzieci. Harry zaczyna bać się o swoją córkę, kiedy zauważa, że Cheryl panicznie boi się szpitali i unika ludzi poruszających się na wózku inwalidzkim. Stara się więc opracować jakąś terapię dla swojej córki i przypomina sobie o swojej zmarłej żonie. W momencie kiedy cały ich świat się zawalił i wydawało się, że już gorzej być nie może, wyjechali razem na wakacje do... Silent Hill. Wakacje, które mimo smutku jaki ich opanował, okazały się najlepsze w ich życiu - najlepsze i zarazem ostatnie. Z miłości do córki Harry przełamuje lęk przed wspomnieniami i zabiera ją na wakacje do Silent Hill. Nie wie niestety, że to właśnie tam czeka go kolejny koszmar związany z bliską mu osobą.

Kiedy Harry wraz z córką docierają na trasę prowadzącą do Silent Hill jest już zupełnie ciemno. Cheryl śpi, wciąż trzymając w ręku swój ukochany szkicownik. Harry prowadzi samochód i jest zupełnie zagubiony we własnych myślach. Przypomina sobie dziwne zachowania córki i zadaje pytania. Czy przypadkiem nie jest prześladowana przez kogoś? Skąd tak naprawdę pochodzi? Czy wyprawa do Silent Hill może jej pomóc? Czy przypadkiem nie utraci swojej ukochanej córki?

Oficer Gucci powiązany z śledztwem w Silent Hill wysłany został do miasteczka i działał tam pod przykrywką. Wieść o nim zaginęła i przestał dawać znaki życia. Wszelka komunikacja z miasteczkiem została zerwana, więc Cybil Benett obawiając się najgorszego wyrusza na prywatne poszukiwania swojego partnera. Jadąc ku Silent Hill mija samochód Harry'ego. Kawałek dalej zauważa na drodze coś podejrzanego, więc stawia motocykl na poboczu i przechodzi na drugą stronę aby zobaczyć co się stało. Harry mija motocykl Cybil i odwraca się na chwilkę spoglądając w jego kierunku. W momencie gdy spogląda przed siebie zauważa na drodze postać młodej dziewczyny. Nagłe hamowanie wpędza go w poślizg, samochód ześlizguje się z klifu i spada w przepaść. W tym momencie rozpoczyna się cała przygoda.

W poszukiwaniu Cheryl...

Cheryl budzi się przed tym jak jej ojciec odzyskuje przytomność, wychodzi z samochodu i idzie w głąb gęstej mgły. Po pewnym czasie zaczyna czuć, że zna skądś to miejsce. Idąc przed siebie zaczyna zatracać swoją świadomość, a w jej głowie pojawia się myśl o odnalezieniu swojej drugiej połowy. Cheryl wie dokładnie gdzie iść, aby odnaleźć brakującą część swojej duszy. Harry stara się ją zatrzymać, ale Cheryl nie jest już sobą. Dziewczynka mija kolejne ulice i alejki widząć jedynie swój cel - musi odnaleźć Alessę.

Alessa po zjednoczeniu ze sobą obu części swojej duszy odzyskuje dawną moc i ucieka ze szpitala. Wszelkie zło, cierpienie, trucizna jakie gromadziły się w niej przez lata wydostały się teraz na zewnątrz, przez co miasteczko przeszło okropną przemianę. Wszystkie jej halucynacje stały się teraz rzeczywistością i świadectwem jej cierpienia. Dr. Kaufman połączywszy wszystkie fakty zorientował się co się tutaj wydarzyło i zaczął popadać w paranoję. Doskonale zdaje sobie sprawę jakie mogą być konsekwencje tego wszystkiego, więc postanawia uciec z miasteczka. Błaga Lisę (pielęgniarka, która zajmowała się Alessą), aby ta opuściła miasteczko razem z nim, ale ona odmawia mu ze złością. Domaga się aby wyjaśnić całą sprawę i grozi, że w innym przypadku wyjawi to co się tutaj wydarzyło. Dr. Kaufmann wie, że nie może do tego dopuścić. Boi się, że jego kariera legnie w gruzach i trafi za kratki. Wyciąga z szafy pistolet i zamyka Lisę w pomieszczeniu niedaleko własnego gabinetu. Dahlia Gillespie doskonale zdaje sobie sprawę, że Kaufmann rozgryzł całą sprawę i teraz stara się uciec. Zostaje uznany przez nią za zdrajcę.

Przed transformacją miasta, wszyscy wspólnicy zostają zamordowani przez wyznawców kultu - Norman Young, pracownicy Indian Runner oraz Oficer Gucci działający w przebraniu jako dealer. Dahlia osobiście zajmuje się Guccim, odkrywa jego prawdziwe intencje, po czym wstrzykuje śmiertelną dawkę White' Claudi. Gucci umiera na zawał serca, ale koroner Seals odkrywa prawdziwą przyczynę po dokonaniu autopsji - o czym później dowiaduje się Harry.

"Coroner Seals called, Officer Gucci is unlikely to be murdered. He apparently died naturally. But, medical records show Officer Gucci had no prior symptoms of heart disease."

"Investigation stalled. 'PTV' dealers still at large. Suspicious deaths continue. Like the anti-drug mayor, a narcotics officers dies of a sudden heart failure of unknown origin."

Dahlia przekrada się do biura Dr. Kaufmann'a i znajduje Aglophotis (antidotum na działanie narkotyku), po czym roztrzaskuje zawartość buteleczki na podłodze. Teraz wie, że nikt nie może jej powstrzymać...

Dahlia obserwuje to co dzieje się w miasteczku i zauważa działania zdesperowanego ojca. Widzi doskonale, że Harry jest zdeterminowany i myśli bardzo dobrze. Pozwala więc aby to Harry odnalazł Alessę, sprowadzając go ku myśleniu, że Alessa jest wrogiem i może doprowadzić go do Cheryl. Dahlia używa dzwonów kościelnych aby sprowadzić Harry'ego i podarowuje mu Flauros - urządzenie, które ma kontrolę nad wymiarami i zwalcza wszelkie zło drogą egzorcyzmów. Alessa nie zmienia swojego uczucia w stosunku do Harry'ego. Nadal daży go miłością, dlatego że kochał ją i zajmował się jej drugą połową przez wiele lat. Właśnie dlatego Alessa stara się go chronić i bardzo cierpi widząc kiedy przydarza mu się coś złego.

Alessa stara się także aby Harry poznał prawdę, więc prowadzi go do wielu ważnych lokacji i daje mu wiele wskazówek. Dwa wymiary, w których porusza się Harry są zależne od tego, która połowa Alessy ma kontrolę. Mgliste i zaśnieżone ulice miasteczka kontrolowane są przez Cheryl, a znacznie bardziej przerażające, mroczne uliczki SH kontrolowane są przez Alessę.

Harry dociera wreszcie do szpitala Alchemilla Hospital. Tutaj spotyka zupełnie załamanego, będącego na skraju obłędu Dr. Kaufmanna. Potem w okolicach gabinetu Kaufmanna znajduje pomieszczenie, w którym doktor zamknął Lisę. Harry uwalnia ją, ale nie dowiaduje się od niej zbyt wiele. Dr. Kaufmann przed tym jak zamknął ją w pokoju zadał jej silny cios w głowę, przez co dostała czasowej amnezji.

"Lisa: So I went to look in the basement, even though I was scared as hell. Like you said, there were these creepy rooms, but nothing really unusual down there. But, whole I was down there, I got this weird feeling. Like I'd been there before. Like something happened there. But, I can't quite remember somehow, what was it. Harry, help me. I'm so scared! I can't take this!

Harry: It's only a temporary thing. You're in shock from when you were knocked out. Don't fret about it. You'll remember after awhile."

Po rozmowie z Lisą Harry odnajduje "inny kościół", gdzie Cybil przekazuje mu informację o Cheryl - podobno widziała ją poruszającą się w powietrzu. Harry dowiaduje się o przejściu przez kanały prowadzącym do obszaru przeznaczonego dla turystów. Idzie więc tam, po drodze spotykając Dr. Kaufmanna w Annie's Bar - być może właścicielka baru była w jakiś sposób powiązana z doktorem.

Cybil chcąc pomóc Harry'emu przeciska się przez kanały, gdzie zostaje ogłuszona przez Dahlię i "nakarmiona" odpowiednią dawką narkotyku. Kiedy Harry dociera do parku rozrywki (Lakeside Amusement Park) staje przed wyborem - użyć antidotum czy też zabić ją? Harry odkrywa wreszcie, że tak naprawdę nie postradał zmysłów - zauważa, że te dwa światy, w których się porusza kolidują ze sobą. Kiedy odnajduje Alesse, Flauros przejmuje nad nią kontrolę, a jej moce znów słabną. Wtedy Dahlia wyznaje Harry'emu, że wykorzystała go aby odnaleźć Alessę, po czym trafiają do miejsca gdzie planowane było odrodzenie Incubus'a.

"This may sound really off the wall, but listen to me, you've got to believe me. I haven't gone crazy and I'm not fooling around. At first, I thought I was losing my mind. But now I know I'm not. It's not me. This whole town - It's being evaded by the other world. By a world of someone's nightmarish delusions, coming to life. Little by little, the evasion is spreading. Trying to swallow up everything in darkness. I think I'm finally beginning to understand what that lady was talking about."

Pamięć Lisy po pewnym czasie wraca do normy i teraz jest ona w stanie przypomnieć sobie swoją rolę w całym spisku. Uzmysławia sobie dopiero teraz, że tak naprawdę już dawno była martwa jak wszyscy wokół. W swoim własnym pamiętniku wspomina, że Dr. Kaufmann uzależnił ją od narkotyków i szantażował aby zajmowała się Alessą. Najprawdopodobniej została też zabita przez Kaufmann'a o czym świadczy fakt, iż w końcowej scence Lisa uśmierca Kaufmann'a jako akt rewanżu. Harry odnajduje kasetę wideo z nagraniami Lisy, z których dowiaduje się o tym jaki był stosunek Lisy do Alessy. Właśnie to było powodem, dla którego musiała zginąć. Lisa ostatecznie umiera w cierpieniu, na oczach Harry'ego i przekształca się w postać demona.

"I get it now. Why I'm still alive, even though everyone else is dead. I'm not the only one who's still walking around. I'm the same as them. I just hadn't noticed it before."

Nadszedł wreszcie odpowiedni czas aby Incubus mógł odrodzić się w ciele Alessy. Piwnica szpitala przekształciła się teraz w piekielny krąg pełen błyskającego ognia. Dahlia stoi trzymając Alessę i Cheryl połączone razem, a z boku na wózku inwalidzkim siedzi bezradna, okaleczona połowa Alessy. Harry staje w konfrontacji z Dahlią i staje się świadkiem tego jak Alessa/Incubus morduje ją. W zakończeniu "GOOD" pojawia się Dr. Kaufmann, który używa Aglophotis na Alessie, po to aby zakończyć wszystko raz na zawsze. Uwalnia ją dzięki temu od Incubus'a, który wyłania się z jej ciała (Alessa przekształca się w postać Incubus'a) i postanawia stoczyć walkę. Harry uśmierca go i Alessa spowrotem objawia się w ludzkiej formie, po czym umiera.

Po raz kolejny "przelewa" swoje życie w ciało małego dziecka i oddaje je w ręce Harry'ego - mężczyzny, którego nazywa swoim ojcem. Alessa otwiera portal dzięki, któremu Harry'emu (oraz Cybil - jest to zależne od twojego zakończenia) udaje się uciec. Na koniec pojawia się jeszcze Lisa i zabija Kaufmanna (zemsta za jego udział w spisku oraz krzywdę jaką jej wyrządził).

Harry przebiega przez portal, trafia prosto w zamglone uliczki Silent Hill. W ręku trzyma małe zawiniątko z dzieckiem, zdając sobie sprawę z tego, że Cheryl zginęła w ciele Alessy. Mimo to, ucieka z maleństwem w ręku , nie wiedząc nawet kim ono jest... Czy jest ona kompletną duszą? Tego możecie dowiedzieć się jedynie w trzeciej części Silent Hill.